• Čeština (Česká republika)
  • English (United Kingdom)

Segment 3: Biochemická laboratoř

 

Laboratoř metabolomiky a izotopických analýz

V rámci projektu jsme schopni provádět, resp. poskytnout metabolomické analýzy (cílené i necílené). Metabolomické analýzy budou prováděny pomocí tandemových analytických technik (GC/MS/MS-TSQ Quantum XLS-Triple Quadrupole, Thermo Fisher Scientific, USA) a (UHPLC/HRMS-UltiMate 3000 Liquid Chromatography Systems s DAD detektorem (detektor diodového pole s rozsahem vlnových délek 190-800nm) a hybridní HRMS LTQ Orbitrap XL kombinující vysoce citlivou lineární iontovou past a FTMS (Fourierova transformace) analyzátor Orbitrap s vysokým rozlišením a přesným stanovením hmoty-(Thermo Scientific, USA)). Z cílených analýz jsme schopni poskytnout stanovení cukrů, mastných kyselin, těkavých sloučenin, fenolických látek a dalších primárních a sekundárních metabolitů (v knihovnách hmotnostní spekter máme v současné době přes 300 metabolitů, které jsme schopni stanovit). Dále provádíme i necílenou metabolomickou analýzu kde využíváme informaci z MS a MS/MS analýz pro identifikaci metabolitů, které nejsou obsaženy v našich knihovnách hmotnostních spekter.

Při identifikaci metabolitů a příslušných metabolický drah využíváme databáze Metlin (http://metlin.scripps.edu/index.php) a Kegg (http://www.genome.jp/kegg/pathway.html).

Dále jsme schopni poskytnout stanovení C/N/S, pomocí prvkového analyzátoru Flash 2000 Elemental analyzer (ThermoFisher Scientific, USA) a stanoveni obsahu chlorofylů a karotenoidů pomocí spektrofotometrů (Lumina – fluorescenční spektrofotometr, Specord 250 plus UV/VIS spektrofotometr).

 

Laboratoř izotopických analýz

V rámci projektu jsme schopni detekovat poměrné zastoupení stabilních izotopů (13C/12C, 15N/14N, 34S/32S, D/H, 18O/16O) v systému půda-rostlina-atmosféra. Analýzy budou prováděny pomocí izotopového hmotnostního spektrometru ISOPRIME100 (Isoprime, UK) s přesností ± 0.02 ‰ pro uhlík a ± 0.3 ‰ pro kyslík. Spektrometr v kombinaci s prvkovým analyzátorem varioPYROCUBE (Elementar, DE), který je vybaven automatickým podavačem se 119 pozicemi, umožňuje stanovení poměrného zastoupení uvedených izotopů v pevných a kapalných vzorcích. Prekoncentrační jednotka, pracující na principu kryogenické pasti, umožňuje detekci δ13C a δ15N v plynných vzorcích (CO2, N2O a CH4) při běžných atmosférických koncentracích. Pro kalibraci systému využívá laboratoř vlastních standardů (sacharóza, celulóza) i mezinárodních standardů pro (Vienna Pee Dee Belemnite pro δ13C a Vienna Standard Mean Ocean Water pro δ18O). Laboratoř je dále vybavena mlýnky MM400 a PM200 (Retsch, DE), ultrazvukovým homogenizátorem D-1 (MICCRA, DE) a mikrováhou XP6 (Metler-Toledo, USA) pro přípravu vzorků.

Tyto analýzy mohou být doplněny o cílené analýzy vybraných primárních (sacharidy, aminokyseliny) a sekundárních metabolitů (např. mastné kyseliny, těkavé sloučeniny, fenolické látky) metabolitů pomocí tandemových analytických technik plynové (GC/MS/MS-TSQ Quantum XLS-Triple Quadrupole, Thermo Fisher Scientific, USA) a kapalinové chromatografie (UHPLC/HRMS-UltiMate 3000 Liquid Chromatography Systems s DAD detektorem a hybridním HRMS LTQ Orbitrap XL; Thermo Scientific, USA).

Biogeochemická laboratoř

Parametr

Instrument

Matrice

Koncentrační rozsah

N, C, S

Flash 2000 NCS

biomasa (listí, rostliny, kořeny), půda

0,1 – 100%

Memmert UFE 500

biomasa (listí, rostliny, kořeny), půda

TC, TIC, TOC, Tn

Vario TOC cube

voda, živné médium

0,1 – 100 mg/l

F-, Cl-, NO3-, SO42-, PO43-

Dionex ICS-5000

voda, živné médium

0,05 – 100 mg/l

Na, K, Ca, Mg, NH4+

Dionex ICS-5000

voda, živné médium

0,05 – 100 mg/l

pH, pKCl

Metrohm 905 Titrando

voda, půdní extract

0 - 14

ANC, BNC

Metrohm 905 Titrando

voda, půdní extract

NO3-, NH4+

Spectrophotometer Specord 250Plus

voda, půdní extract

0,1 – 100 mg/l

MARS 6 – CEM (microwave reaction systém) – příprava pro ICP_OES

biomasa (listí, rostliny, kořeny), půda